Ternyata Ada Bakteri yang Bisa Mengobati Bumi dengan Cara yang Keren Banget

Bakteri Endofit yang ada di tumbuhan (sumber : Chang X, Young B, Vaccaro N, Strickland R, Goldstein W, et al. 2023. Endophyte symbiosis: evolutionary development, and impacts of plant agriculture. Grass Research 3:18 doi:10.48130/GR-2023-0018)

Pernah nggak kamu berdiri di lahan bekas tambang yang gersang atau di hutan yang baru saja dilalap api lalu merasa tanahnya  “habis”? Permukaannya kering, keras dan nyaris nggak menunjukkan tanda kehidupan. Di balik kerusakan yang kelihatan parah sebenarnya masih ada peluang buat pulih dan menariknya hal itu bukan datang dari alat berat atau pupuk kimia melainkan dari makhluk super kecil yang bersembunyi di dalam jaringan akar tumbuhan bakteri endofit namanya.

Terus, sebenarnya bakteri endofit itu apa? Kata “endo” berarti “di dalam”, sedangkan “fit” merujuk pada tumbuhan, jadi endofit adalah bakteri yang “ngekos” di dalam jaringan tumbuhan bisa di akar, batang, sampai daun dan uniknya mereka hidup bareng inangnya tanpa bikin tumbuhan sakit. Kalau dibuat gampang, anggap saja mereka penghuni kos yang dapat tempat tinggal dan makanan dari tumbuhan lalu sebagai gantinya mereka bantu tumbuhan dengan berbagai cara agar mereka dapat tetap hidup. Hubungan saling menguntungkan seperti ini dalam biologi dikenal sebagai simbiosis mutualisme.

Nah, bagian paling serunya para endofit ini punya “skill set” yang kepakai banget buat menyembuhkan lahan kritis atau lahan yang sudah rusak. Bakteri endofit mereka bisa berperan seperti pupuk alami, terdapat jenis endofit yang mampu menangkap nitrogen dari udara dan mengubahnya menjadi nutrisi yang bisa dipakai tumbuhan. Mereka juga dapat membantu melarutkan fosfat yang tadinya terkunci di tanah sehingga akar lebih gampang menyerapnya. Kedua, bakteri endofit dapat membantu mengurangi tanah yang tercemar logam berat misalnya timah, merkuri, atau limbah tambang lain dan sebagian endofit mampu memecah atau mengubah senyawa berbahaya menjadi bentuk yang lebih aman. Ketiga, endofit bisa memperkuat pertahanan tumbuhan dengan menghasilkan senyawa antimikroba alami yang menahan serangan jamur atau bakteri patogen. Keempat bakteri endofit membantu penguraian bahan organik, sehingga tanah pelan-pelan kembali subur.

Lalu, apakah saat ini bakteri endofit sudah dimanfaatkan ? Di Indonesia, riset soal endofit sudah mulai banyak dan hasilnya cukup meyakinkan. Kita dapat menggunakan contoh pemanfaatan bakteri endofit di Bangka, daerah yang lekat dengan tambang timah. Setelah timah dikeruk yang tersisa sering kali berupa lubang besar serta tanah yang asam dan sarat logam berat dan kalau dibiarkan pemulihannya bisa makan waktu puluhan tahun namun menariknya terdapat riset yang dipublikasikan dari Universitas Bangka Belitung dan IPB pada 2021 yang berhasil mengisolasi puluhan bakteri endofit dari akar tumbuhan yang memang “tahan banting” dan tetap bisa tumbuh di lahan bekas tambang timah. Berdasarkan penelitian, tercatat 59 isolat bakteri yang terbukti mampu mengikat nitrogen dari udara sehingga artinya para peneliti menemukan bakteri lokal yang sudah beradaptasi dengan kondisi ekstrem. Bakteri bakteri lokal yang terbukti mampu mengikat nitrogen dari udara dapat dimanfaatkan untuk mempercepat penyuburan tanah dibandingkan harus menggunakan bakteri non lokal yang belum tentu ia dapat bersaing dengan bakteri komensal yang ada di tanah itu.

Contoh pemanfaatan bakteri endofit lain dapat kita lihat dari  penelitian UGM pada 2022 yang melaporkan bahwa akar bambu menyimpan bakteri endofit yang tahan terhadap paparan merkuri. Di uji laboratorium, bakteri ini masih bisa hidup dan tumbuh meski diberi merkuri dalam dosis tinggi. Dapat kita artikan bahwa bambu menyerap merkuri dari tanah lalu bakteri endofit di akarnya membantu meredam efek racunnya. Proses penghilangan merkuri oleh tumbuhan bambu ini kita kenal sebagai fitoremediasi dan diperkuat oleh endofit jadi dibanding kita menggunakan metode metode mahal ternyata sudah terdapat solusi dari alam yang lebih murah dengan membiarkan mikroba bekerjasama dengan tumbuhan.

Bagaimana dengan lahan gambut yang terbakar? Di Riau dan Sumatera Selatan kebakaran gambut seperti jadi langganan setiap tahun. Setelah terbakar, lahan gambut biasanya makin kering, makin asam, dan daya simpan airnya turun drastis namun terdapat studi yang dirilis pada 2024 dari peneliti Universitas Riau yang menunjukkan bahwa pemberian jamur endofit jenis Dark Septate Endophytes (DSE) bisa membantu memulihkan kondisi gambut pascakebakaran. Jamur DSE ini bukan cuma mendorong pertumbuhan tumbuhan pionir seperti gelam tapi juga ikut memperbaiki kondisi tanah yang dibuktikan dari kandungan logam berat mangan bisa turun hingga 65 persen dan seng hingga 60 persen pada lahan gambut tercemar pascakebakaran. Jamur DSE selain menurunkan logam berat terbukti membantu menaikkan pH tanah yang terlalu asam dan membuat fosfat lebih tersedia untuk tumbuhan. Makna dari riset ini sangat jelas, menyembuhkan tanah nggak selalu harus dimulai dengan pendekatan yang mahal tapi kadang yang kita butuhkan justru mengaktifkan lagi komunitas komunitas alami mikroba yang memang sudah ada di ekosistem itu.

Salah satu temuan menarik lagi, para ilmuwan melihat bahwa efek endofit bisa jauh lebih kuat kalau dipakai bareng-bareng sebagai konsorsium (campuran beberapa mikroba) bukan hanya satu jenis saja. Logikanya mirip seperti penanganan pasien di rumah sakit untuk kasus sakit yang berat biasanya butuh tim dokter dengan keahlian berbeda dan tanah juga sama. Tanah yang rusaknya parah sering kali lebih cepat pulih kalau ditangani oleh “tim” endofit yang dari berbagai spesies yang saling bekerjasama.  Salah satu penelitian pada 2023 dari Universitas Padjadjaran melaporkan bahwa pada lahan bekas tambang batu bara, kombinasi jamur mikoriza Claroideoglomus etunicatum dan bakteri Bacillus sp. mampu meningkatkan biomassa rumput Bede sampai 660 kali lipat dibandingkan kontrol tanpa perlakuan. Ya, 660 kali lipat bukan salah ketik ! Ini menunjukkan betapa kuatnya efek sinergi atau kerja sama beberapa mikroba kecil bisa menghasilkan perubahan besar pada tanah yang sebelumnya sudah hampir mati.

Pemanfaatan endofit sangatlah bagus namun bukan berarti tanpa tantangan, endofit yang cocok untuk satu tumbuhan belum tentu cocok untuk tumbuhan lain dan kondisi tanah yang berbeda juga bisa menghasilkan respons yang berbeda. Indonesia termasuk salah satu negara dengan keanekaragaman mikroba yang sangat tinggi dengan hutan hujan tropis kita kemungkinan menyimpan jutaan jenis endofit yang bahkan belum sempat dikenali satu per satu. Potensi endofit sering disorot oleh para peneliti, termasuk Prof. Abdul Munif dari IPB yang menekankan besarnya peluang endofit untuk dikembangkan sebagai pupuk hayati maupun pemacu pertumbuhan alami. Selain itu, pada 2025 Program Magister Bioteknologi UGM juga menuliskan temuan menarik berupa isolat bakteri endofit dari pohon cangkring (Erythrina fusca Lour.) yang memiliki potensi mendorong pertumbuhan tumbuhan sekaligus menghambat jamur patogen. Bisa jadi di banyak sudut hutan dan kebun kita sebenarnya sudah tersimpan kumpulan komunitas pemulihan lahan dan pertanian yang lebih ramah lingkungan.

Pada akhirnya, kita sering memandang tanah cuma sebagai debu atau pasir saja padahal tanah yang sehat itu hidup dan bernapas lewat aktivitas miliaran mikroba yang tak kasat mata. Saat kita melukai bumi lewat tambang, kebakaran atau limbah yang rusak bukan hanya pemandangan tapi juga makhluk makhluk kecil yang menjaga ekosistem itu sendiri. Kabar baiknya bumi punya cara untuk menyembuhkan dirinya sendiri. Peran kita seharusnya bukan sekadar menanam pohon saja lalu sudah namun kita perlu menyelamatkan komunitas mikroba endofit lokal juga. Ketika komunitas mikroba di tanah yang terluka mulai pulih yang bangkit bukan hanya tanahnya, tapi juga seluruh ekosistem di atasnya. Belum terlalu banyak yang membahas namun konservasi akan lebih baik apabila kita melihat hal yang tidak terlihat yaitu mikroba endofit ini contohnya karena upaya konservasi alam kita mungkin tidak akan berhasil dengan memuaskan jika kita melupakan bagian kecilnya ini, mikroba endofit.