Taksonomi merupakan ilmu yang dapat memudahkan dalam mempelajari, mencirikan, dan mengelompokan makhluk hidup agar dapat lebih mudah diamati. Perkembangan ilmu ini terus mengalami kemajuan khususnya di Indonesia yang menjadi negara dengan julukan Mega Biodiversity Country menurut LIPI, 2019. Hal ini dikarenakan hutan yang melimpah dan iklim tropis yang dapat mendukung persebaran dan habitat banyak sekali jenis flora dan fauna yang ada. Tercatat sekitar 27.500 spesies tumbuhan, 776 spesies mamalia, 542 spesies aves, 755 spesies reptil dan 365 spesies amfibi, serta masih banyak kelompok lainnya.
Keanekaragaman ini perlu dilestarikan guna memastikan keberlanjutan hidup mereka di habitatnya. Upaya konservasi terus dilakukan akan tetapi terus dibersamai dengan pembukaan lahan untuk pembangunan sarana prasarana ataupun lahan perkebunan yang sebenarnya menentang dari upaya konservasi. Jika kita kritisi, bagaimana caranya melakukan upaya konservasi habitat jika masih ada saja pembukaan lahan untuk pembangunan?
Sayangnya, kali ini kita tidak akan membahas hal itu. Kita akan menelaah sejauh mana keanekaragaman hayati di Indonesia yang harus didukung oleh ilmu taksonomi. Tantangan yang kini mulai dihadapi dalam dunia taksonomi yaitu Cryptic Species. Menurut Bickford (2006), cryptic species adalah dua atau lebih spesies yang sebenarnya berbeda namun diklasifikasikan menjadi satu nama spesies yang diakibatkan oleh karakter morfologi yang samar atau mirip. Tentu hal ini menjadi kesulitan dalam mempelajari keberagaman melalui morfologi. Dapat dicontohkan pada baru-baru ini beberapa spesies baru yang berhasil dipisahkan dari spesies yang telah diketahui dari kelompok katak pohon seperti Polypedates iskandarii yang merupakan hasil pemisahan dari spesies Polypedates leucomystax
Perlu kehati-hatian dalam identifikasi keberagaman hayati yang ada di Indonesia karena adanya cryptic species ini, sehingga solusi lain yang dilakukan yaitu melalui kajian molekuler yang didapatkan dari DNA organisme terkait. Cara ini cukup efektif dilakukan dalam ilmu taksonomi namun membutuhkan biaya yang relatif besar.